Pierwsza połowa lat 90. była dla ZHP okresem przebudowy organizacji i powrotu do struktur światowego skautingu. Nastąpiła reorganizacja chorągwi, których liczba spadła z 49 do 25, zmniejszyła się liczba hufców. W sierpniu 1993 r. prezydent RP Lech Wałęsa został Honorowym Protektorem ZHP, nawiązując tym samym do przedwojennych tradycji. W 1995 r. odbył się w Poznaniu Nadzwyczajny Zjazd ZHP, który dokonał zmian w Statucie, umożliwiających uczestnictwo ZHP w WOSM (wprowadzenie zasady kadencyjności władz, likwidacja dwóch rot przyrzeczenia harcerskiego – wprowadzenie jednej z formułą „pełnić służbę Bogu”). ZHP zostało przywrócone członkostwo w międzynarodowych organizacjach skautowych, których był współzałożycielem w okresie 20-lecia międzywojennego, do Światowej Organizacji Ruchu Skautowego (WOSM) 17 stycznia 1996 r., a do Światowego Stowarzyszenia Przewodniczek i Skautek (WAGGGS) 7 marca 1996 r.
W październiku 1992 r. nastąpiło zjednoczenie ZHR i ZHP-1918 we wspólny Związek Harcerstwa Rzeczypospolitej. Stowarzyszenie Harcerstwa Katolickiego „Zawisza” w 1995 r. wstąpiło do Federacji Skautingu Europejskiego. W 1997 r. Polska Organizacja Harcerska rozwiązała się, a jej drużyny zasiliły ZHR.
W ZHP lata 1995-2005 bogate były w propozycje programowe (w ramach programów „Moje Ojczyzny” i „Barwy przyszłości”) aktywizujące drużyny w najważniejszych dla organizacji i Polski obszarach: „Woda jest życiem”, „Odkrywcy Nieznanego Świata”, „Paszport do Europy”, „Bądź Gotów”, „Widok z ratusza”, „Ścieżkami zdrowia”. Podczas powodzi w 1997 r. harcerze aktywnie włączyli się w pomoc powodzianom realizując alert „Nieść chętną pomoc bliźnim”.
Lata 1991-2000 wypełnione były harcerskimi zlotami. W 1991 r. organizacje harcerskie obchodziły 80. rocznicę powstania harcerstwa na dwóch zlotach koło Częstochowy: w Pająku (ZHP i POH) i w Olsztynie (ZHR, ZHP-1918, „Zawisza”). W sierpniu 1995 r., w 60. rocznicę Zlotu w Spale, odbył się w Zegrzu pod Warszawą Światowy Zlot Harcerstwa Polskiego (ZHP i ZHP- pgK). W sierpniu 2000 r. miał miejsce Światowy Zlot Harcerstwa Polskiego „Gniezno 2000”, podsumowujący program „Moje Ojczyzny”.
Dzięki powrotowi do organizacji światowego skautingu ZHP działa aktywnie na arenie międzynarodowej. W styczniu 1999 r. miał miejsce pierwszy po odzyskaniu członkostwa w WOSM oficjalny udział ZHP w 19 Jamboree w Chile. W lipcu 1999 r. odbył się w Polsce w Sanoku Zlot Skautów Europy Środkowo-Wschodniej „SAN-99”. Ponownie gospodarzami tego zlotu byliśmy w 2008 r., goszcząc w Chorzowie skautów w ramach IX Zlotu Skautów Europy Środkowej „Silesia”.
W 1999 r. nastąpiła reorganizacja ZHP związana z reformą administracji państwa – liczba chorągwi zmniejszyła się do 17. We wrześniu 2003 r. zostały wprowadzone zmiany w systemie metodycznym – nowy podział na grupy wiekowe: zuchy, harcerze, harcerze starsi (wiek gimnazjalny), wędrownicy. Przyjęty został nowy, sześciostopniowy system stopni harcerskich. XXXIII Zjazd ZHP w 2005 r. wprowadził istotne zmiany w funkcjonowaniu chorągwi – osobowość prawną oraz społeczne rady chorągwi kontrolujące działalność komend.
Na przełomie lipca i sierpnia 2007 r., w ramach obchodów stulecia skautingu, skauci z całego świata spotkali się na Światowym Skautowym Jamboree 2007 One World – One Promise w Hylands Park w Chelmsford w Wielkiej Brytanii (z licznym udziałem reprezentacji ZHP). O świcie 1 sierpnia 2007 r. skauci na całym świecie odnowili przyrzeczenie skautowe. W sierpniu 2007 r. prawie 10 000 harcerzy spotkało się na Zlocie ZHP „Kielce 2007”.
W 2010 r. ZHP rozpoczął obchody 100-lecia harcerstwa. W sierpniu odbył się Zlot ZHP „Kraków 2010”, który zgromadził prawie 10 000 harcerzy. Otwierając zlot premier Donald Tusk powiedział: „O ile lepszy i piękniejszy byłby świat, gdybyśmy wszyscy byli harcerzami”. 22 maja 2011 r. reprezentacje wszystkich największych organizacji harcerskich odwiedziły Lwów, by świętować 100-lecie oficjalnego powołania pierwszych polskich drużyn skautowych.